Cell子刊|艾沐蒽赋能传染病疫苗研究，让预防更胜一筹

发布时间：2024-04-30 13:50 | 点击次数：489

免疫组测序可应用于实体肿瘤和血液肿瘤、自身免疫性疾病、传染病等多种免疫介导的相关疾病领域。近期我们分享了多篇TCR测序在肿瘤研究领域应用的文章，相信大家对该技术的应用方向已有了大致了解，今天我们分享一篇TCR测序应用于传染性疾病研究的文章，希望能帮助大家对免疫组测序有更广泛和深入的了解。

2024年4月26日浙一朱彪主任团队在cell子刊Heliyon杂志发表题为“Increase in HIV reservoir and T cell immune response after CoronaVac vaccination in people living with HIV”的文章，该研究探索了艾滋病患者接种新冠疫苗后HIV病毒储量和T细胞免疫反应的变化。研究采用了艾沐蒽的ImmuHub^®TCR测序分析系统监测患者接种疫苗后的TCR库变化和新冠病毒特异性T细胞克隆广度和深度的变化。

研究背景

携带HIV病毒的人群（PLWHs）其免疫系统受到病毒的破坏，抵抗力低下，感染SARS-CoV-2病毒会加重其疾病严重程度和死亡风险，因此接种新冠疫苗对这些脆弱人群的保护至关重要。通过TCR测序探索疫苗接种后的免疫反应有助于提供新见解，为制定更有效的预防策略奠定基础。

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研究结果

1.受试者特征

2021年4月至8月期间共纳入15例男性PLWHs，至少接受了一年的抗逆转录病毒治疗（ART），实施了三次新冠疫苗注射。随访期间，患者的HIV病毒载量始终低于检测下限（20copies/mL），表明持续的病毒学抑制。

2.疫苗注射后HIV病毒储量增加

注射两针疫苗后，与基线0周相比，2周和12周的细胞相关（cell-associated，CA）HIV RNA和HIV DNA水平均明显增加（图1A、B）。这是HIV持久性的标志。

图1

3.疫苗注射后TCRβ库多样性增加

Shannon指数、Pielou均匀度指数和Hvj指数均显示了疫苗接种后外周TCRβ库多样性轻微增加（图2A-C），而克隆性在第二剂疫苗后显著降低（图2D）。

图2

4.VJ基因使用频率差异明显

不同时间点的VJ基因组合重组偏好性差异明显，接种前和接种后2周、12周，优势VJ基因组合主要为V20-1—J2。第三针疫苗接种后，优势组合转变为V5-1—J2（图3A-D）。不同的V（D）J基因重组对于抗原结合至关重要。

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图3

5.overlap克隆型的追踪

通过追踪39个样本中检测到的所有独特克隆型在不同时间点的分布情况，从而说明在疫苗接种的不同阶段免疫库的变化。重叠克隆型的总比例从基线时的31.9%增加至接种后2周时的32.5%和12周的40.4%。追踪某些特定克隆型发现，有一些在接种后丰度增加，还有一些克隆丰度在接种后降低，说明这些高丰度克隆型之间存在潜在联系。（图4A-D）

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图4

6.TRB簇的不同特点

为了鉴定TRB在疫苗接种中的潜在功能，作者根据既往文献中提到的GLIPH2方法鉴定出TOP30的TRB簇（图5A）。在接种后一些簇的比例高出2-3倍，另外还有一些新的簇出现（图5B）。这些TRB簇可能具有相似的抗原特异性。

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图5

7.COVID-19特异性TCR克隆的宽度和深度增加

基于已公开的COVID-19特异性TCR克隆序列，作者进一步探索疫苗接种后的免疫反应。接种后COVID-19特异性TCR克隆的宽度（疾病相关的独特克隆型数量）和深度（疾病特异性克隆的累计频率）均明显增加（图6）。鉴于SARS-CoV-2不断有新的病毒变异出现，扩大的T细胞宽度可能会起着关键作用。

图6

研究结论

本研究揭示了艾滋病患者接种新冠疫苗后HIV病毒储量和T细胞免疫反应变化。重要的是，本研究采用的艾沐蒽的TCR测序技术，从免疫组库的多个角度分析，监测疾病或治疗状态下机体对病原体的免疫反应，为免疫组测序在传染病研究中的应用方向提供范例。

文献来源：

Xiaorong Peng, Xueling Zhu, Xiang Liu, Ying Huang, Biao Zhu. Increase in HIV reservoir and T cell immune response after CoronaVac vaccination in people living with HIV. Heliyon. 26 April 2024.DOI:https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e30394.